Hoje, existem dois tipos de fagotes: o fagote do sistema francês e o do sistema alemão. As principais diferenças entre os instrumentos dos dois sistemas residem na madeira utilizada em sua confecção, a furação e o chaveamento, e consequentemente, os diferentes dedilhados etc. São duas as principais fabricantes do fagote francês Buffet-Crampon e Selmer. Heckel, Püchner, Moosmann, Schreiber, Adler, Mönnig, Sonora, Hüller, Amati, Fox e Yamaha estão entre os maiores fabricantes de fagotes do sistema alemão.
Fagote moderno sistema alemão.
O sistema alemão encontrou mercado em todo o mundo, até mesmo na França e em certos países latinos onde o fagote francês já estava fortemente consolidado. Também, com a internacionalização da música e da busca de um som orquestral uniforme, certos maestros preferem o fagote alemão, porque seu timbre é mais redondo e se funde melhor à massa orquestral. Hoje, os dois instrumentos coexistem, embora poucos músicos iniciem seus estudos no sistema francês. A França é um dos raros países a propor a especialização nos dois instrumentos.
O sistema alemão (Heckel)
O design do fagote moderno deve-se ao professor e compositor Carl Almenräder, que, assistido por Gottfried Weber, desenvolveu o fagote de 17 chaves, cuja extensão atinge quatro oitavas. Almenräder publicou em 1823 um primeiro tratado, onde descreve maneiras de melhorar a entonação, a resposta e a facilidade técnica através do aumento e da mudança das chaves. Em 1831 Almenräder fundou sua própria fábrica de instrumentos, junto com Johann Adam Heckel.
Heckel e duas gerações de descendentes continuaram a refinar o fagote, e foi o seu instrumento que se tornou o modelo a que os demais fabricantes deveriam seguir. O próprio Johann A. Heckel chegou a fabricar mais de 4000 instrumentos. O sistema alemão chegou ao século XX dominando o mercado de fabricação de fagotes. Exceto por uma rápida conversão a uma fábrica de armamentos durante o período da guerra, na década de 1940, a Heckel continua produzindo seus instrumentos até hoje.